Stefano Agostini si perfeziona frequantando il corso superiore di flauto tenuto da Conrad Klemm presso il Conservatorio di Winterthur (CH), dove ottiene  il Solistendiplom (1993).

E' stato primo flauto dell'Orchestra Giovanile Italiana e in numerose altre orchestre lirico-sinfoniche.

Ha svolto e svolge attività concertistica con vari ensemble cameristici in Italia e all'Estero, partecipando a festival e rassegne come Biennale di Venezia, Alternative Lirique di Parigi, Festival Grec di Barcellona, Temporada Alta di Girona, Bologna Festival , GOG di Genova, Promenade Lirique di Tourcoing, Festival Italia di Edimburgo, Festival 900 di Trento, GAMO di Firenze, Bruxelles, Atene, Istambul e Festival di Campo de Jordao in Brasile.

Interessato ai linguaggi contemporanei, all'improvvisazione e al rapporto della musica con gli altri linguaggi artistici collabora con molti compositori e artisti partecipando a performances multimediali.

Ha collaborato per molti anni con l'attore Franco di Francescantonio e con la compagnia Occupazioni Farsesche diretta da Riccardo Sottili. Collabora con la Compagnia di danza "L'Ensemble" di Micha van Hoecke.

Recente la pubblicazione del CD Vox Aquae a cura di Spring Art Deveopment con musiche originali per flauti e percussioni.

Dal 1977 è docente di flauto di ruolo presso l'Istituto Musicale P. Mascagni di Livorno, e dal 2006 ne è direttore.